شهر اشباح داستان ماجراجويي‌هاي دختري است به نام چيهيرو. او و خانواده‌اش در مسير خانه جديدشان اتفاقي شهربازي متروكي را پيدا مي‌كنند و كنجكاوي پدر و مادر به اكراه دخترك مي‌چربد و گشت‌و‌گذارشان تا غروب خورشيد ادامه پيدا مي‌كند. با تاريكي هوا همه چيز عوض مي‌شود و چيهيرو در دنيايي عجيب و غريب و جديد گرفتار مي‌ِشود. حالا بايد تلاش كند تا خود و خانواده‌اش را از اين دردسر نجات دهد.